Nach dem Rücktritt Peters gab es bei der anschließenden Besetzung des Lehrstuhls für Amerikanistik an der Universität München sowohl organisatorische als auch personelle Schwierigkeiten. Zwei vakante Stellen – die Leitung des Amerika-Instituts und der Lehrstuhl für Amerikanistik – wurden schließlich zusammengelegt, wobei vorgeschlagen wurde, dass der neu zu berufende Professor für Amerikanistik auch die Leitung des Instituts übernehmen sollte. Die Berufung des Professors gestaltete sich schwierig und ging nur schleppend voran:

„Schon jetzt können es die Herren der Besatzungsmacht nicht verstehen, dass ausgerechnet der Lehrstuhl für Amerika-Kunde immer noch unbesetzt ist. Tatsächlich haben wir bisher große Schwierigkeiten gehabt, geeignete Persönlichkeiten zu finden. Bleibt aber der Lehrstuhl weiter unbesetzt, so besteht die große Gefahr, dass unsere Handlungsweise missdeutet wird.“ [1]

Anfang 1952 galt der renommierte Politikwissenschaftler Eric Voegelin als Hauptkandidat für den Lehrstuhl, unterstützt von Alois Dempf, einem einflussreichen Philosophen, mit dem Voegelin seit langem in fachlichem und persönlichem Kontakt stand und ähnliche wissenschaftliche Ansichten teilte. Obwohl Voegelin wegen anderer Verpflichtungen und Projekte in den USA zunächst zögerte, den Ruf sofort anzunehmen, erklärte er sich schließlich bereit, ab dem Wintersemester 1952/53 vorübergehend als Gastprofessor in München zu arbeiten. Allerdings gab es schon jetzt Bedenken wegen der bisherigen Mittelverwendung durch das Institut, und die Finanzierung und weitere Unterstützung des Instituts durch die Rockefeller Foundation war ebenfalls unsicher:

„Die Rockefeller Foundation hat im Jahre 1949 dem Institut einen Grant von 50.000 $, befristet auf drei Jahre, zur Bezahlung von Gastprofessoren und für die Anschaffung der Bibliothek gewährt. Dieser Grant läuft in diesem Sommersemester ab. Über eine evtl. Erneuerung liegt noch keine Entscheidung vor.“ [2]

Letztlich scheiterte die Berufung Voegelins auf den Lehrstuhl und die damit verbundene Übernahme der Institutsleitung an der ablehnenden Haltung der Rockefeller Foundation und an organisatorischen Schwierigkeiten innerhalb des Bayerischen Kultusministeriums. Die Situation des Amerika-Instituts blieb also prekär, und es wurde weiter nach Lösungen für eine langfristige und erfolgreiche Leitung und Integration in das akademische Umfeld Münchens gesucht. Im Herbst 1952 drängte das Kultusministerium die Universität München, möglichst bald einen neuen Kandidaten für den vakanten Lehrstuhl für Amerikanistik zu finden, da die Verhandlungen mit Voegelin enttäuschend verlaufen waren.

„Die über ein Jahr währende Diskussion um die Besetzung des Postens eines Direktors für das Amerika-Institut der Münchener Universität scheint nunmehr in ein entscheidendes Stadium getreten zu sein […]. Diese Frage […] ragt in ihrer Bedeutung weit über den örtlichen Einflussrahmen der Münchener Universität heraus [, h]andelt es sich doch um das einzige Institut dieser Art in ganz Süddeutschland und um eine einmalige Möglichkeit, gestützt durch die finanziellen Zuwendungen aus den Vereinigten Staaten, ein geistiges Zentrum für den Austausch mit der neuen Welt zu schaffen.“ [3]

Obgleich auf der Berufungsliste auch Anglisten und andere Gelehrte standen, entschieden sich Universität und Kultusministerium schließlich für den Erlanger Philosophen Helmut Kuhn, welcher folgend zum 1. Mai 1953 berufen wurde. Die genaue Stellung des Amerika-Instituts innerhalb der Universität blieb lange Zeit ungeklärt, und eine mögliche Eingliederung in die Universität München wurde lange diskutiert.

„Im [Ü]brigen war ich erfreut festzustellen, dass der Herr Rektor mit mir der Ansicht ist, dass die Stellung des Amerika-Instituts durch Angliederung an die Philosophische Fakultät normalisiert werden sollte. Nach einer Rücksprache mit dem Herrn Dekan der Philosophischen Fakultät hatte ich den Eindruck, dass auch die Philosophische Fakultät ihren Widerstand gegen dieses Projekt aufzugeben bereit sein dürfte.“ [4]

1955 beschloss der Akademische Senat schließlich das Institut der Philosophischen Fakultät zuzuordnen und die Leitung dem Inhaber des Lehrstuhls für Amerikanistik zu übertragen. Kuhn, der bereits den Lehrstuhl und die Institutsleitung kommissarisch innehatte, wurde 1958 auf den Lehrstuhl für Philosophie berufen und leitete weiterhin das Amerika-Institut. 1960 wurde der Lehrstuhl in „Lehrstuhl für Nordamerikanische Kulturgeschichte“ umbenannt und F. G. Friedmann, ein deutscher Kulturhistoriker, übernahm die Leitung des Instituts.